UC0117年。反連邦組織「ジオン・ジャーイ」はザビ家末裔「マラキ・ザビ」を手中にした。「ヨシュア・ライエル」は死んだ姉の生き写しであるマラキに戸惑いを覚えながらも、彼女を守る為、戦火に身を投じる。